10 เมษายน 2553

แปลงไฟล์ Fasta ให้อยู่ในรูปแบบ Genbank

แปลงไฟล์ Fasta ให้อยู่ในรูปแบบ Genbank
เขียนโดยใช้ Python นะครับ

ก่อนจะนำไปรัน ให้แก้ตัวแปร 2 ตัวคือ
path คือ Directory ที่ไฟล์อยู่
filename คือ ชื่อไฟล์ ไม่ต้องใส่ .fa
path = "C:\Users\Naymin Suksen\Desktop\\"
filename = "chr15"
f = open(path + filename + ".fa", "r")
g = open(path + filename + ".txt", "w")
f.readline()
text = f.read(10)
count = 1
while text != "" :
    g.write(str(count))
    g.write('\t')
    for i in range(0,6):
        for i in range (0,10):
            text = f.read(1)
            while text == '\n':
                text = f.read(1)
            g.write(text)
        g.write(' ')
    g.write('\n')
    count += 60
    print "count: " + str(count)
f.close()
g.close()
print "Done!!!"



ไม่มีความคิดเห็น: